В 1542 г. П. М. В. вынужден бежать из Италии, опасаясь преследований, т. к. в это в время в Риме был учрежден инквизиционный трибунал для борьбы с влиянием протестантов. В Цюрихе и Базеле П. М. В. познакомился с Генрихом Буллингером и др. реформаторами; вскоре переехал в Страсбург, где ему была предоставлена возможность преподавать в гимназии реформатора, гуманиста и педагога Иоганна Штурма (1507-1589). В 1545 г. П. М. В. женился на Катарине Даммартин (ум. в 1553), бывш. монахине из Меца. Второй раз П. М. В. женился в 1559 г. в Цюрихе на Катарине Меренда.
В 1547 г., после смерти англ. кор. Генриха VIII, Томас Кранмер, архиеп. Кентерберийский, реализуя свои идеи по развитию англикан. вероучения и протестант. образования, пригласил в Англию П. М. В. и других известных континентальных реформаторов, в т. ч. Буцера и Окино. П. М. В. прибыл в Англию в дек. 1547 г.; весной 1548 г. он получил пост профессора теологии в Крайст-Черч-колледже Оксфордского ун-та. В 1549 г., читая курс лекций по НЗ, П. М. В. организовал теологический диспут о понимании Евхаристии, в ходе которого стало очевидным, что его позиция отличается и от католической, и от лютеранской. По итогам этого диспута П. М. В. составил и опубликовал «Трактат о таинстве Евхаристии» (Tractatio de Sacramento Eucharistiae, 1549). Во время восстания 1549 г., вызванного введением «Книги общих молитв», П. М. В., спасаясь от преследования мятежников, покинул Оксфорд и скрывался в Ламбете, резиденции Т. Кранмера. Он помогал Кранмеру в составлении новой редакции «Книги общих молитв», изданной в 1552 г. По просьбе Кранмера П. М. В. написал обширный труд «Защита древнего и апостольского учения о святейшем таинстве Евхаристии» (Defensio Doctrinae veteris et apostolicae de sacrosancto Eucharstiae Sacramento; опубл. в 1559), в к-ром представил собственное понимание Евхаристии и полемизировал со Стивеном Гардинером, еп. Винчестерским, лидером католич. крыла англ. епископата. Кроме того, П. М. В. принимал активное участие в работе Комиссии по реформе церковных законов Англии (Reformatio legum ecclesiasticarum). После смерти англ. кор. Эдуарда VI и восшествия на престол исповедовавшей католицизм кор. Марии Тюдор (1553-1558), Кранмер и др. сторонники Реформации подверглись преследованию. П. М. В. возвратился в Страсбург, но до конца жизни интересовался событиями в Англии, активно общался с находившимися в вынужденном изгнании в европ. гос-вах англичанами, поддерживал переписку со мн. ведущими деятелями англикан. Церкви. После восшествия на англ. престол сторонницы англиканства кор. Елизаветы I Тюдор (1558-1603), П. М. В. посвятил ей трактат «О Послании к Римлянам» (1558).
В Страсбурге П. М. В. вернулся к преподаванию в гимназии Штурма, ставшей к этому времени признанным центром протестант. образования. После заключения Аугсбургского религиозного мира (1555) признание положений этого документа стало условием пребывания и преподавания в Страсбурге. П. М. В. лояльно относился к лютеран. Аугсбургскому исповеданию, но с положениями Аугсбургского мира не согласился, т. к. в его тексте содержалось признание реального присутствия Тела Христова в таинстве Евхаристии, что противоречило его позиции. В 1556 г. П. М. В. принял предложение Буллингера о переезде в Цюрих, где он получил место преподавателя иврита и ВЗ в местной школе - Каролинуме. В Цюрихе П. М. В. провел остаток жизни. Он получил европ. признание не только как последовательный защитник реформатского вероучения, но и как один из лучших знатоков раввинистической лит-ры. В 1561 г. вместе с Теодором Безой П. М. В. принял участие в коллоквиуме в Пуаси - богословском собеседовании католиков и протестантов, состоявшемся в присутствии франц. кор. Карла IX и его матери Екатерины Медичи. П. М. В. скончался в Цюрихе после непродолжительной болезни; он был погребен в городском соборе Гроссмюнстер. Речь, к-рую произнес на похоронах его соратник, Иосия Зимлер (1530-1576) (Simler. 1563), стала основой для мн. позднейших биографий П. М. В.
Самое известное и значительное богословское сочинение П. М. В.- компендиум «Общие места» (Loci Communes; опубл. посмертно, в 1576), который в действительности является компиляцией, составленной франц. протестантом Робером Масоном (1534-1611), гл. обр. на основе опубликованных при жизни П. М. В. комментариев на книги ВЗ и НЗ, а также записей его экзегетических лекций. Среди полемических работ П. М. В. наиболее важны неск. трактатов, посвященных объяснению таинства Евхаристии, а также «Диалог о двух природах во Христе» (Dialogus de utraque in Christo natura), к-рый является ответом на трактат лютеран. теолога Йоханнеса Бренца (1499-1570). П. М. В. отличался широкой эрудицией: в сочинениях он учитывал как разнообразное идейное содержание современной ему конфессиональной полемики, так и широко использовал труды Фомы Аквинского, сочинения отцов Церкви, раввинистическую лит-ру и др. источники (библиографическое описание сочинений П. М. В. и их изданий см.: Donnelly, Kingdon, Anderson. 1990).
Вклад П. М. В. в протестант. теологию заключается прежде всего в детальном обосновании реформатского представления о религ. смысле таинства Евхаристии. П. М. В. был одним из наиболее последовательных сторонников символического понимания Евхаристии. Он настаивал, что слова Иисуса Христа «сие есть Тело Мое» (Мф 26. 26) указывают не на пресуществление евхаристического Хлеба в Тело Христово, как полагали католики, и не на реальное присутствие Тела Христова на алтаре, как учили лютеране, но лишь на то, что Хлеб выступает в Евхаристии как образ Тела Христова, Которое реально пребывает на Небесах, а не на алтаре (подробнее см.: Corda. 1975). В учении о предопределении позиция П. М. В. в значительной мере совпадала с т. зр. Жана Кальвина, хотя и не зависела от нее напрямую. П. М. В. полагал, что Бог предвечно избирает и предопределяет праведников, спасение к-рых происходит только по благодати, без к.-л. предшествующих заслуг. При этом П. М. В. более точно, чем Кальвин, следовал позиции блж. Августина, еп. Гиппонского: он различал акт избрания и акт отвержения, понимая последний скорее как отрицательное отсутствие решения о спасении, чем как положительное решение о предопределении к погибели (подробнее см.: Donnelly. 1976; James. 1998; Zuidema. 2008). В обосновании политической концепции Реформации важную роль сыграли взгляды П. М. В. на королевскую супрематию.